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登録免許税の計算方法を解説｜不動産登記の種類別の税率と軽減措置
登録免許税の計算方法を解説｜不動産登記の種類別の税率と軽減措置
不動産を購入または相続する際、登記手続きにおいて必ず発生するのが登録免許税です。この税金は、不動産の所有権を公的に証明するために支払う国税であり、物件の価格や登記の目的によって金額が大きく変動します。不動産投資やマイホーム購入を検討する際、諸経費として登録免許税の額を正確に把握しておくことは、資金計画を立てる上で欠かせません。登録免許税の具体的な計算式、登記の種類ごとに異なる税率、負担を軽減できる優遇措置について、詳しく解説します。
目次
登録免許税の基本知識と計算式
登録免許税は、不動産や会社、資格の登録などの権利を公的な帳簿（登記簿）に記録する際に課される税金です。不動産取引においては、土地や建物の名義変更、住宅ローンの借り入れに伴う抵当権の設定などのタイミングで納付が必要となります。基本的な計算式は以下の通りです。
登録免許税 ＝ 課税標準（固定資産税評価額） × 税率
課税標準となるのは、市町村が管理する固定資産課税台帳に登録された価格となります。実際の売買価格ではない点に注意が必要でしょう。端数処理については、課税標準額は1,000円未満を切り捨て、算出された税額は100円未満を切り捨てて計算します。もし算出された税額が1,000円に満たない場合は、一律1,000円を納付します。
【登記別】登録免許税の税率一覧
登記の種類や不動産の取得目的によって、適用される税率は異なります。主な取引ケースにおける標準税率を確認しましょう。
土地の所有権移転登記
土地を売買によって取得した際、所有権を移転するための登記を行います。本来の税率は2.0%ですが、土地の売買に関しては租税特別措置法による軽減が適用されています。令和8年（2026年）3月31日までの間に受ける登記であれば、1.5%の税率が適用される仕組みです。相続によって取得した場合は0.4%、贈与の場合は2.0%となるため、取得経緯に応じた確認が求められます。
建物の保存登記・移転登記
新築マンションや一戸建てを建築した際、最初に行うのが「所有権保存登記」です。この場合の標準税率は0.4%となります。一方で、中古住宅のように既に登記されている建物を売買で取得する「所有権移転登記」では、2.0%の税率が課せられます。建物の種類や築年数によっては、後述する軽減措置の対象となるケースも多いため、要件を精査することが重要です。
抵当権の設定登記
住宅ローンや不動産投資ローンを利用して物件を購入する際、金融機関が不動産を担保に取るために行うのが「抵当権設定登記」です。税率は、ローンの借入金額（債権金額）に対して0.4%となります。例えば、3,000万円の融資を受ける場合、軽減措置がない状態では12万円の登録免許税が発生します。借入額が大きくなるほど税負担も重くなるため、あらかじめ諸経費に含めておくべきでしょう。
登録免許税を安く抑える軽減措置の要件
一定の要件を満たす住宅用の不動産であれば、登録免許税の大幅な軽減を受けることが可能です。個人の居住用としての取得が主な条件となります。
住宅用家屋の軽減税率
個人が自己の居住用に供する住宅を新築または取得した場合、以下の要件を満たすことで特例税率が適用されます。主な要件として、床面積が50平方メートル以上であること、取得後1年以内に登記すること、市町村が発行する「住宅用家屋証明書」を添付することなどが挙げられます。軽減後の税率は、保存登記で0.15%、売買による移転登記で0.3%、抵当権設定登記で0.1%まで引き下げられます。認定長期優良住宅などの場合は、さらに低い税率が設定されることもあります。これらの措置を利用するためには、法務局への登記申請時に証明書を提示しなければなりません。
登録免許税の納付時期と支払い方法
納付時期は、原則として登記の申請時です。支払い方法は、税額が3万円以下の場合は収入印紙を申請書に貼り付けて提出する形が一般的でしょう。3万円を超える場合であっても収入印紙での納付は可能ですが、現金で金融機関に振り込み、その領収証書を申請書に貼付する方法も選択できます。また、オンライン申請（e-Tax）を利用する場合は、電子納付（インターネットバンキング等）による支払いも可能です。司法書士に登記手続きを委任する際は、報酬とともに登録免許税相当額を事前に預ける流れが一般的となります。
不動産投資のトータルサポートはHonorsへ
不動産取引に伴う税金の計算や手続きは複雑であり、物件選定と同様に専門的な知識が必要です。Honorsでは、投資用不動産の紹介だけでなく、購入時の諸経費シミュレーションや登記に関するアドバイスも含めた包括的なコンサルティングを提供しています。不動産投資を通じて長期的な資産形成を目指すお客様に寄り添い、最適なプランをご提案いたします。登録免許税を含めたコスト管理や、効率的な資産運用に関するご相談は、ぜひ弊社にお任せください。
まとめ
登録免許税は、不動産登記の際に課される重要な税金であり、固定資産税評価額を基準に計算されます。土地の売買や住宅用家屋の取得には軽減措置が用意されており、これらを正しく活用することで初期費用を抑えることが可能です。税率や要件は法改正によって変更される場合があるため、最新の情報を確認しながら資金計画を練るようにしましょう。確実な不動産取引と資産運用の実現に向けて、専門家のアドバイスを活用しながら進めていくことが賢明な判断といえます。